Родился в семье крестьянина-бедняка в селе Моисеевка. С 1914 года в Петербурге.

Работал на Русско-Балтийском авиационном заводе. В 1916 году был арестован за распространение революционных листовок, содержался в Выборгской тюрьме.

После Февральской революции вступил в отряд Красной гвардии Выборгского района. Член РСДРП(б) с 1917 года. Участник Великой Октябрьской социалистической революции и Гражданской войны. В бою на Южном фронте против петлюровцев был тяжело ранен.

По окончании Военно-политической академии имени Н. Г. Толмачёва (1929 год) — начальник политического отдела 61-го зенитно-артиллерийского полка береговой обороны Морских Сил Чёрного моря (Севастополь), с 1932 года комиссар и начальник политического отдела 9-й артиллерийской бригады береговой обороны Морских Сил Дальнего Востока (БО МС ДВ) на о. Русский.

В июле 1933 года был назначен на должность военного комиссара строящегося Де-Кастринского укреплённого района на Амуре на Дальнем Востоке. Приказом РВС СССР № 00543 от 22 сентября 1933 года назначен помощником по политической части коменданта Де-Кастринского УР. В июне 1937 года снят с должности помощника по политической части Де-Кастринского УРа и выведен в резерв ПУ ОКДВА, 19 августа был назначен исполняющим обязанности военного комиссара 1-й бригады военно-строительных частей РККА. С 1937 года — начальник политотдела соединения речных кораблей базы Краснознамённой Амурской флотилии.

7 февраля 1938 года С. В. Руднев был арестован в Хабаровске особым отделом 2-й отдельной краснознамённой армии и отправлен во внутреннюю тюрьму Управления НКВД по Хабаровскому краю. Предъявленные ему обвинения в шпионаже и вынашивании антисоветских замыслов доказаны не были, сам С. В. Руднев свою вину отрицал, и в октябре 1939 года был освобождён, проведя в тюрьме 1 год и 8 месяцев. После освобождения в 1939 году демобилизовался из армии по состоянию здоровья, после чего получил назначение на гражданскую руководящую должность в городе Путивле Сумской области Украинской ССР. С мая 1940 года — председатель Путивльского райсовета Осоавиахима.

Быстрое продвижение немецких войск в начале Великой Отечественной войны заставило партийные организации Сумской области уже в августе 1941 года приступить к организации партизанских отрядов. Командирами трёх отрядов, местами дислокации которых были назначены Спадщанский, Новослободской и Казённый леса, а также урочище Марица, были назначены С. А. Ковпак, С. В. Руднев и С. Ф. Кириленко.

В начале сентября 1941 года в местах дислокации отрядов были заложены базы с продовольствием и снаряжением. Завершив закладку в Новослободском лесу, 6 сентября рудневцы прибыли в Сумы на краткосрочные курсы диверсионной подготовки, возвращаться с которых им пришлось уже в оккупированный район. Поскольку базы в Новослободском лесу оказались разграбленными, Руднев принял решение вести свою группу на соединение с Ковпаком. 18 октября 1941 г. отряд Руднева прибыл в Спадщанский лес. Командиром объединённого Путивльского партизанского отряда был избран С. А. Ковпак, комиссаром – С. В. Руднев, начальником штаба – Г. Я. Базыма.

С сентября 1942 года — член подпольного ЦК КП(б)У. Участник Карпатского рейда соединения Ковпака.

Зимой 1942 года в бою под селом Весёлое С. В. Руднев был ранен в горло.

Погиб в бою 4 августа 1943 года в районе города Делятин Станиславской области.

Указом Президиума Верховного Совета СССР «О присвоении звания Героя Советского Союза украинским партизанам» от 4 января 1944 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования в борьбе против немецко-фашистских захватчиков в тылу противника, и проявленные при этом отвагу и геройство и за особые заслуги в развитии партизанского движения на Украине» удостоен посмертно звания Героя Советского Союза.

В 1946 году перезахоронен в братской могиле в городе Яремча Ивано-Франковской области УССР, где ему установлен мемориал и названа в его честь улица.

В 1954 году по решению партийной конференции коммунистов Краснознамённой Амурской флотилии, в ознаменование пятидесятилетия со дня подвига моряков крейсера «Варяг», улицу Мира в Хабаровске переименовали в улицу Руднева, считалось, что в честь С. В. Руднева, который прослужил на Амуре более пяти лет, в том числе начальником политотдела на базе КАФ в Хабаровске. Но в Госархиве Хабаровского края, в решении Хабаровского горисполкома № 86 от 23 февраля 1954 года, указана улица «в честь капитана 1-го ранга В. Ф. Руднева».

Приказом комитета по образования от 26.10.2015 г. №140 муниципальному бюджетному общеобразовательному учреждению средней общеобразовательной школе п. Де-Кастри Де-Кастринского сельского поселения Ульчского муниципального района присвоено имя Героя Советского Союза С.В. Руднева.